DF-PGT, теперь возможно с помощью массивных методов секвенирования
                Новая платформа массивного секвенирования позволяет ученым выявлять изменения в структуре или количестве хромосом эмбриональных клеток, связанных с более чем 4800 генами. Результаты экспериментов, проведенных в исследовании (CNV-NGS), были позже подтверждены другими методами преимплантационной диагностики геномной гибридизации (mCGH и aCGH), ранее разработанными исследовательской группой под руководством исследователя UAB Хоакимы Наварро. Кредит: UAB

Исследовательская группа из Автономного университета Барселоны (UAB) в сотрудничестве с Банком крови и тканей Каталонии впервые в истории внедрила массивную платформу секвенирования для предимплантационного генетического тестирования (PGT).
                                                                                       

Работа адаптирует платформу TruSight One (TSO), одну из наиболее полных на сегодняшний день генетических панелей, для двухфакторного преимплантационного генетического тестирования (DF-PGT). Исследование, опубликованное в PLoS ONE, было проведено Хоакимой Наварро и Жорди Бенетом, исследователями из Департамента клеточной биологии, физиологии и иммунологии UAB, и включало сотрудничество с командой под руководством Франциско Видала из Банк крови и тканей Каталонии.

«Нам удалось реализовать инновационную, многообещающую и универсальную стратегию, подготовленную для одновременной диагностики генетических мутаций и хромосомных изменений в эмбрионах, полученных путем оплодотворения in vitro (ЭКО), полезных для семей-кандидатов DF-PGT с мутациями вызывающих заболевания, включенных в платформу TSO. Кроме того, для этого требуется только один лабораторный эксперимент, без необходимости подготовки методологии диагностики. Это существенно ускоряет процесс исследования и доступность результатов семейных нарушений с одним геном. До настоящего времени «Необходимо было подготовить конкретные процедуры до постановки диагноза для каждой из мутаций», — говорит Хоакима Наварро.

Новый инструмент позволит диагностировать мутации как напрямую, так и косвенно, что повышает степень точности диагностики. В то же время он позволяет определить хромосомную характеристику внутри эмбрионов для всех 23 пар хромосом человека и определяет, является ли эмбрион анеуплоидным, имеет ненормальное количество хромосом или эвплоид, с правильным числом и, следовательно, жизнеспособным и с большим Возможности имплантации.

Команда во главе с профессором Наварро разработала стратегию DF-PGT в 2009 году. С тех пор новаторская методика успешно применялась неоднократно, она заключается в анализе в течение одного цикла ЭКО специфических генетических мутаций, вызывающих наследственные заболевания, а также полного эмбриональная хромосомная одаренность (цитогенетика) посредством сравнительной техники геномной гибридизации. Это позволяет выявлять и отбирать эмбрионы без болезней и хромосомных дефектов, которые будут препятствовать их развитию.

В 2009, 2013 и 2015 годах эта группа первой в мире использовала другую стратегию DF-PGT для отбора здоровых эмбрионов и оказания помощи семьям в зачатии здоровых детей, включая близнецов, свободных от синдрома фон Хиппеля-Линдау, близнецов, свободных от синдрома Линча, и два других здоровых ребенка из двух семей, подверженных риску серповидноклеточной анемии и муковисцидоза, соответственно. В этих случаях ученым сначала нужно было подготовить методы диагностики мутаций, ответственных за конкретное генетическое заболевание, в то время как в предложенной текущей стратегии никакой специальной подготовки не требуется.

Преодоление ограничений ДНК в эмбриональных клетках

Методы секвенирования следующего поколения (NGS) представляют собой гигантский скачок в качестве процедур генетического анализа, позволяя изучать миллионы последовательностей ДНК в большом количестве и одновременно в одном эксперименте. Эти мощные инструменты используются для характеристики образцов крови и тканей, в которых количество ДНК не является ограничивающим фактором.

«Предложенная методология преодолевает ограничения, существующие до сих пор. Она была разработана для применения к образцам только шести-восьми клеток трофодермы бластоцисты с планированием цикла переноса замороженного эмбриона, в случае результатов, указывающих на отсутствие семейные болезни и эмбрион «, — объясняет Хоакима Наварро.

Перед внедрением новой платформы необходимо было определить, какая из четырех наиболее часто используемых систем амплификации ДНК наиболее подходит для адекватной идентификации мутаций. Таким образом, исследователи были также первыми, кто провел хромосомную характеристику с помощью программы вычислительной биологии Nexus с использованием базы данных TSO.

«Инструмент также представляет интерес для ПГТ с риском хромосомных изменений в связи с пожилым возрастом матери, изменениями, обнаруженными в отцовских хромосомах, а также в случаях повторных выкидышей. Также в случаях ооцитов молодых доноров, так как также был описан определенный риск анеуплоидии «, — говорит исследователь UAB.

Эта новая методология скоро будет доступна для использования с панелью TSO или путем ее применения к новым, еще более полным панелям, таким как те, которые способны анализировать весь экзом или весь геном. В среднесрочной перспективе его можно применять одновременно ко многим образцам, тем самым снижая его стоимость.




Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *