research
Кредит: CC0 Public Domain

Новый инструмент анализа данных, разработанный исследователями онкологического центра им. доктора медицины Андерсона Техасского университета, включает удобный интерфейс на естественном языке, позволяющий исследователям-биомедикам, не имеющим специальных знаний в области биоинформатики или языков программирования, проводить интуитивный анализ больших наборов данных.

Программа с открытым доступом, управляемая искусственным интеллектом (ИИ), под названием DrBioRight, была создана для того, чтобы снизить барьеры для всех исследователей и в полной мере использовать все большие объемы данных, генерируемых современными исследовательскими методами. Отчет об этой платформе был опубликован сегодня в Cancer Cell

.

«Мы почувствовали, что можем улучшить текущую модель проведения рутинного биоинформатического анализа и значительно сократить время обработки, создав инструмент, который мог бы использовать любой исследователь», — сказал Хан Лян, доктор философии, профессор биоинформатики и вычислительной биологии. . «Наша долгосрочная цель DrBioRight — быть умным сотрудником для каждого исследователя».

Высокопроизводительные технологии, используемые в современных биомедицинских исследованиях, позволяют создавать большие и сложные наборы данных, которые предоставляют исчерпывающую информацию о пациентах, моделях животных или изучаемых линиях клеток. Это может включать, например, изучение всей генетической информации (геномика), экспрессии генов (транскриптомика) или экспрессии белков (протеомика).

Поскольку эти «омические» наборы данных настолько сложны, может быть сложно ответить на конкретные биологические вопросы без специальных аналитических подходов, — пояснил Лян. Этот анализ обычно выполняется с использованием компьютерного сценария, написанного на различных языках программирования, что требует некоторого понимания как программирования, так и биоинформатики.

Специалисты по биоинформатике могут помочь в навигации и обработке этих сложных наборов данных, но эта работа может занять много времени. Поэтому исследовательская группа разработала DrBioRight, чтобы исследователям было проще проводить рутинный анализ своих данных через удобный интерфейс чата с взаимодействием на естественном языке.

Программа, ориентированная на естественный язык, позволяет пользователям задавать вопросы программе, как если бы они говорили естественно, а не на сложных языках программирования, — пояснил Лян.

DrBioRight свободно доступен академическим исследователям. Первоначально программа имеет ряд готовых модулей для обработки наиболее распространенных типов вопросов биоинформатики и включает некоторые из наиболее часто используемых общедоступных доступных наборов данных по раку, такие как Атлас генома рака и Энциклопедия линии раковых клеток.

В качестве подтверждения этого подхода исследователи воспроизвели анализ классической статьи по геномике рака с помощью DrBioRight и обнаружили, что он точно воспроизводит ранее опубликованные результаты.

Поскольку программа управляется ИИ, она также может извлекать уроки из каждого запроса и улучшать анализ, становясь со временем более полезным инструментом. В дальнейшем исследователи надеются улучшить DrBioRight, чтобы пользователи могли анализировать свои собственные наборы данных, а также разрешить открытую разработку новых модулей.

«Работая над улучшением программы, мы также хотим дать возможность другим специалистам по биоинформатике внести свой вклад в свои алгоритмы и обучить DrBioRight», — сказал Лян. «Участие всего исследовательского сообщества поможет создать инструмент, который будет полезен для более эффективных ответов на сложные исследовательские вопросы»./P>




Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *