Разработайте и протестируйте потенциальные методы лечения COVID-19 с вашего телефона
Представление SARS-CoV-2, которое служит мишенью для препарата ВиДок. Предоставлено: Тхань Чыонг.

Вас приглашают присоединиться к поиску средств для лечения COVID-19 — без лабораторного халата и без доктора философии. нужно.

Любой, у кого есть смартфон, может загрузить приложение ViDok, которое позволяет пользователям выбирать из библиотеки молекул, которые могут связываться с ключевыми белками вируса SARS-CoV-2, вызывающего COVID-19, а затем настраивать молекулы для попробуйте найти более подходящий вариант.

«Это процесс обучения человека и настоящий экспериментальный процесс», — говорит Тхань Чыонг, профессор химии из Университета Юты и разработчик ViDok. «Вы пытаетесь, и вы учитесь. И прекрасно то, что разные люди смотрят на вещи по-разному. Вы можете совершенствоваться последовательно».

Найдите приложение ViDok в iOS App Store и в Google Play.

Краудсорсинг процесса

Процесс открытия и тестирования новых лекарств длится долго, порядка нескольких лет, и дорогостоящий, порядка сотен миллионов долларов. Первыми шагами являются идентификация мишени лекарственного средства — в данном случае белка вируса SARS-CoV-2, называемого протеазой — и поиск молекул, которые могут связываться с этой мишенью, прерывание циклов размножения вируса и эффективное прекращение его действия. . По словам Труонг, цель подобна замку, а процесс обнаружения наркотика подобен поиску нужного ключа.

Вирус SARS-CoV-2 существует менее года, и, хотя гонка за вакциной продолжается, исследователи также ищут способы лечения людей, уже больных COVID-19. Именно на этапе испытания различных молекул, чтобы увидеть, могут ли они служить подходящими ключами, Truong обратился к толпе за помощью, чтобы сократить время разработки и снизить общие затраты.

Разработайте и протестируйте потенциальные методы лечения COVID-19 со своего телефона
Молекула в ВиДок. Приложение проверяет, насколько хорошо эта молекула связывается с белком SARS-CoV-2. Предоставлено: Тхань Чыонг.

Поиск новых ключей

Труонг разработал приложение ViDok с помощью коллег из Института вычислительной науки и технологий во Вьетнаме. Он разработан для того, чтобы им мог легко пользоваться любой человек, от школьников-химиков до ветеранов-исследователей биохимии. Предпосылка проста: выберите молекулу или лиганд из библиотеки молекул, которые, вероятно, будут хорошо связываться с белком SARS-CoV-2. Затем, после определения энергии связывания или силы связывания молекулы с белком, пользователь может изменить структуру молекулы и снова проверить энергию связывания.

Чем ниже энергия связи, тем лучше, и после каждого моделирования приложение будет сравнивать новую молекулу с другими молекулами, представленными другими пользователями. Обработка моделирования энергии связи осуществляется с помощью Центра высокопроизводительных вычислений Университета штата Калифорния, на котором также размещается веб-сайт со всеми молекулами, созданными приложением, с их рассчитанными энергиями связи. Эти данные доступны для свободного скачивания для дальнейшего изучения.

Чыонг надеется, что дух дружеского соперничества приведет к успехам в открытиях.

«Допустим, ваш дизайн занимает 100-е место, и кто-то смотрит на него и говорит:» Эй, я мог бы сделать лучше! «, — говорит он. «Затем возьмите свои результаты и измените их. И внезапно он занимает 50-е место. Итак, вы берете его результаты и немного изменяете их. И вы занимаетесь 30-м местом. Это позволяет людям совместное обучение. Вы получаете результаты от всех. иначе, и вы опираетесь на них «.

Разработайте и протестируйте потенциальные методы лечения COVID-19 со своего телефона
Таблица лидеров показывает верхние молекулы, ранжированные по силе связывания с протеиназой SARS-CoV-2. Предоставлено: любезно предоставлено Тхань Чыонг.

Из приложения в лабораторию

До сих пор Truong тестировал приложение на небольшой группе людей во Вьетнаме. Из 200 лучших молекул из более чем 2500 кандидатов в лекарственные препараты, которые были протестированы на данный момент, только пять из них происходят из исходной библиотеки потенциально терапевтических молекул. Остальные 195 были изменены пользователями.

«И, надеюсь, в конце, — говорит Труонг, — мы получим список лучших возможных лекарственных препаратов, которые экспериментаторы могут пойти в лабораторию и синтезировать, а затем провести дальнейшие исследования. На данный момент пользователи сделали научный прогресс уже достигнут. Я могу воспользоваться лучшими результатами и начать писать научные статьи прямо сейчас. На самом деле, некоторые связались со мной, чтобы обсудить возможность использования результатов для дальнейших исследований «

Затем университетские или правительственные лаборатории и фармацевтические компании должны выполнять остальную часть процесса разработки лекарств, включая исследования токсичности и клинические испытания, но любое возможное лечение COVID-19 должно происходить откуда-то — почему бы не из свой телефон?/p>




Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *